На пути к Black Mesa вертолет, в котором летит капрал Адриан Шеппард, сбивают. Прежде чем получить приказ, солдат теряет сознание. Вертолет падает на ограждение, находящееся под напряжением. Между выжившими морпехами и несколькими вортигонтами завязывается ожесточенный бой. Отступая с места крушения, солдаты тащат с собой Адриана, но получают смертельные ранения.

Глава 1: “Добро пожаловать в Black Mesa”(Welcome to Black Mesa)

Адриан приходит в себя и обнаруживает, что ученые спасли его и доставили во временный госпиталь. Доктор сообщает ему, что радиостанция осталась на месте крушения и предлагает попробовать использовать ее чтобы вызвать подмогу. Адриан вооружается и направляется к разбитому вертолету, встречая по пути охранный пункт, где Джи-Мэн инструктирует охранника не открывать дверь.

Адриан находит радиостанцию и получает сообщение от какого-то морпеха о том, что из-за серьезного сопротивления со стороны неприятеля военные силы отступают из Black Mesa. Морпех так же советует Шеппарду воспользоваться подземной системой железных дорог чтобы добраться до точки эвакуации. Адриан спускается в подземные туннели и движется в направлении путей.

Адриан находит железную дорогу, но она заблокирована дверьми пожарной безопасности. Прежде чем ему удается двинуться дальше, повреждение энергосистемы приводит к взрыву и затоплению комнаты радиоактивными отходами, а единственный выход оказывается закрыт. Джи-Мэн открывает дверь, позволяя Адриану спастись.

Пробравшись через разрушенную секцию железной дороги и зеленую жижу, Адриан находит полурабочий поезд.

Глава 2: “Мы отступаем!”

Поезд везет Адриана через сектор «Е» Подземного транспортного Уровня «А» и быстро прибывает к месту, где прячутся несколько человек из числа охранного и научного персонала. Солдат-шокер расы X убивает охранника и похищает ученого. Пройдя эту секцию, Адриан находит морских пехотинцев и точку эвакуации.

Командир связывается по рации с Купером и говорит ему что начинается авиа-удар и что он должен помочь с точной наводкой на цели или найти укрытие. Далее, командир приказывает Адриану направляться к вертолету через ангар и готовиться к эвакуации. Однако, прежде чем Адриан достигает вертолета, Джи-Мэн опускает и запирает ворота ангара.

Глава 3: “Пропавший в бою”

Через зону обслуживания трубопровода Адриан попадает в Административный офис и кафетерий, а оттуда через вентиляцию к основным воздухообменным вентиляторам. Далее вентиляция приводит его в зону анализа окраски пламени, зараженную хэдкрабами. Шеппард взрывом пробивает пол и пробирается дальше.

Вентиляция приводит Адриана в подземный гаражный комплекс. Основная часть комплекса «запечатана» но сервисный лифт и помещение ремонта транспорта открыты. Умирающий морпех предостерегает Шеппарда о тварях (пит-дроны), что перебили его группу.

Адриан пробирается через склады 2 и 3, проходит участок ремонта транспорта и попадает в шахту лифта. Он спускается на первый этаж, отключает питание второго лифта и по кабелю поднимается на третий этаж. Пройдя несколько кабинетов, он в итоге находит радиостанцию. Приняв сообщение, стрелок и инженер, которых тоже «забыли», помогают Адриану пробраться к следующему лифту.

Глава 4: “Огонь друзей”(Friendly fire)

Добравшись до следующего этажа офиса, Адриан вступает в бой с несколькими вортигонтами и попадает в конференц-зал, где было разработано вымещающее ружье. Обрушившаяся секция потолка приводит его на площадку техобслуживания.

Адриан находит радиостанцию и слышит сообщение солдата, который вместе со своей группой отстреливается от «черных оперативников». Взобравшись выше, капрал встречает медика, который рассказывает ему о другом входе в сектор «Лямбда» и о том, что железнодорожная система, находящаяся поблизости, должна вести туда. Адриан и медик спасают инженера от «черных оперативников» и тот вырезает закрытую дверь транспортной системы сектора «Лямбда».

Объединяясь с другими морпехами, они преодолевают сопротивление «черных оперативников» и ищут рельсовую тележку. Найдя ее, Адриан следует дальше по транспортной линии и обнаруживает что путь «запечатан». Он решает пробираться через вентиляцию.

Глава 5: “Мы не одни”

Выйдя из вентиляции, Адриан слышит, как ученый торопит Гордона Фримена прыгнуть в портал Ксен. После телепортации Гордона комната начинает рушиться. Появляется новый портал и Адриан прыгает в него.

Попав в Ксен, Адриан, прыгая с астероида на астероид, подбирает вымещающее ружье с трупа ученого и приходит к другому порталу. Тот периодически всасывает в себя маленькие светящиеся сферы. Адриан прыгает в портал.

Глава 6: “Авария на глубине”

Адриан снова появляется в Black Mesa, на уровне «B» Лаборатории Изучения Гидрофауны, где изучают водяных существ из мира Ксен. Ученый проводит Адриана через лаборатории с пиявками к устройству телепортации, которое переносит Шеппарда в область, где изучают Ихтиозавров. Отразив нападение расы X, Адриан проникает в басейн с Ихтиозаврами, который связан с дренажной системой Комплекса Биодома Исследовательской Станции Black Mesa в секторе «E».

Глава 7: “Чужая реальность”

Выбравшись из дренажной системы, Адриан направляется на Площадку Наблюдения за Образцами #01, где проводился эксперимент по адаптации «гончих глаз» к земным условиям, который оборвала атака расы X. Убив солдат X, Адриан идет в расположенную рядом комнату Вольеров для Образцов. Дальше находится система лифтов, которая приводит Адриана в комнату управления Площадкой Наблюдения за Образцами #02. Там, на Площадке, представлена копия окружающей среды мира Зин в натуральную величину.

Пройдя в следующую комнату Вольеров, Адриан находит трех молодых особей солдат-шокеров, содержащихся в баках. Далее маленькая светящаяся сфера приводит Шеппарда в комнату Управления Данными Лаборатории Испытания Образцов, где голографическое сообщение для Уолтера ожидает получателя. В сообщении речь идет об Образце 1176 из соседних Вольеров: это барнакл, который был снят со своего места обитания. Дальше Вольеров находится Лаборатория Испытаний BDRC-101 и комнаты Вивариев, где выращивают споры и барнаклов.

Шеппард доходит до Площадки Наблюдения за Образцами #03, где содержат двух взрослых особей щупалец. Площадка все еще находится в стадии строительства и вентиляция открыта. Две светящиеся сферы влетают в вентиляцию. Эдриан следует за ними.

Вентиляция приводит на площадку техобслуживания. Дверь сервисного лифта заблокировала обрушившаяся секция помоста, но морпехи были здесь и оставили радиостанцию. Адриан принимает сообщение от солдата, который вместе со своей группой был атакован гигантским червеобразным существом в секторе сбора отходов. Адриан отключает Первый Пропеллерный Блок и направляется к позиции группы.

Глава 8: “Логово червя”

Вентиляция приводит Адриана к прессу для мусора в Зоне Переработки Отходов #3 Black Mesa. Дверь остается закрытой, пока Джи-Мэн не откроет ее из комнаты наблюдения, расположенной вверху. Пройдя через дверь, Адриан находит группу мертвых пехотинцев у Бассейна «A-03». Дальше находится Отходный Участок #1 с Бассейном Размещения Отходов. Там обосновался червь. Он преграждает путь для раскладного моста, ведущего из этой области. Адриан направляется вниз, чтобы активировать Основной Помповый Редуктор на Отходном Участке #2 и Основной Вентиль Давления на Отходном Участке #3.

Обнаружив, что ведущая к редуктору дверь заперта, Адриан использует иной путь - дренажную систему второго пресса для мусора. Добравшись до редуктора, он включает помпу и возвращается на Отходный Участок #1.

Пройдя на Отходный Участок #3, Адриан сражается с несколькими пит-дронами, открывает Паровые Клапаны и выкручивает Вентиль Давления.

Когда все задействовано, Адриан сливает токсичные отходы в Бассейн и червь погибает. Шеппард активирует мост и продолжает свой путь дальше, через Коллектор 3-01.

Глава 9: “Униформа Форкстрот”

Адриан выбирается из коллектора и оказывается на перекрытой дороге, где «черные оперативники» выгружаются из грузовика и закрепляются на позиции. Прорываясь через территорию, Шеппард обнаруживает брешь в стене склада взрывчатки. Он следует дальше и находит двух морпехов, которых снайперы загнали в ловушку. Миновав снайперов, Адриан включается в битву между «черными оперативниками» и солдатами-шокерами. Обнаружив, что канализация – единственный путь дальше, он спускается вниз.

Что-то приводит к детонации взрывчатки, и взрыв запирает Адриана в канализации, куда на гнездовье в большом числе пришли волтигоры. Проложив себе путь сквозь взрослых и молодых особей, Адриан с помощью группы морпехов выбирается из подземелья.

Вернувшись к складам взрывчатки, Адриан узнает от морпехов о боевых товарищах, которые ожидают помощи на дамбе. Группа капрала вступает в бой с солдатами-шокерами и прорывается в направлении дамбы.

В центре дамбы стоит прикованный цепями и обложенный взрывчаткой гаргантюа. Морпехи безуспешно пытаются убить его огнем из автоматов. На помосте Рубки Управления Турбиной стоит Джи-Мэн и разговаривает по радиотелефону. Позади него портал, в который стекаются маленькие светящиеся сферы. Джи-Мэн исчезает, а морпехи гибнут под огнем гаргантюа. Адриан взрывает заряды и протискивается в большую трубу, вскрытую взрывом.

Глава 10: “Посылка”

Поток внутри трубы подхватывает Адриана. Он сносит его вниз, к участку пустыни, где два морпеха собираются атаковать позиции «черных оперативников». Они наталкиваются на большие силы неприятеля и на большой миномет, охраняющий Арсенал. Вход в Арсенал закрыт, зато открыто небольшое служебное помещение. В нем стоит радиостанция, по которой Шеппард принимает сообщение от морпехов, которых атаковали неподалеку от бункера.

И вот пехотинцы уже мертвы, зато открытый ими подвал приводит Адриана к миномету. Орудие проделывает дыру в воротах, закрывающих вход в Арсенал. Шеппард прорывается с боем через силы солдат-шокеров и волтигоров и оказывается в подземном помещении парковки автомобилей.

Пройдя через еще одну стычку «черных оперативников» и расы X, Адриан находит охранника, который сообщает солдату о том, что «черные» приводят в действие бомбу.

Адриан останавливает «оперативников» и обезвреживает Термоядерный Заряд «Марк-IV». Заряд снабжен плутониевым детонатором класса «C» и рекомендуемая безопасная дистанция при его взрыве – 55 километров.

Теперь заряд обезврежен и охранник отпирает дверь. Он предупреждает Шеппарда что единственный возможный путь лежит через Складской Уровень #4, где перед прибытием расы X обосновались «черные оперативники». По пути к лифту, Адриан видит, как Джи-Мэн снова приводит механизм бомбы в действие. Путь назад закрыт и у Адриана остается только одна возможность – двигаться на Уровень #4.

Глава 11: “Столкновение миров”

На Складском Уровне #4 Адриан вступает в бой с толпой «черных оперативников» а потом и с расой X. Вокруг летают маленькие светящиеся сферы, которые всасываются в вентиляцию. После того, как все враги оказываются повержены, еще один охранник открывает последнюю дверь. Он пускает Шеппарда к запасу вооружения и предупреждает о гигантском монстре впереди, который уже убил несколько пехотинцев. Адриан спускается на лифте в огромную воздушную вытяжную систему. Светящихся сфер вокруг становится больше.

Дальше расположен портал розоватого оттенка, в который погружаются десятки огоньков. Когда они все оказываются поглощены, материализуется червь. Шеппард вступает в длительный бой против червя и солдат-шокеров, которых тот посылает. В конце из умирающего червя начинают вырываться порталы. Самый большой ударяет в Адриана и уносит его…

Адриан приходит в себя на вертолете, улетающем от Black Mesa, и видит перед собой Джи-Мэна. Когда где-то вдалеке взрывает термоядерный заряд, Джи-Мэн говорит что Black Mesa была помехой. Он сообщает Шеппарду что тот будет задержан чтобы предотвратить утечку информации об инциденте. Вертолет переносится в мир XEN(коридор между мерами), а затем в пустое пространство, где Джи-Мэн входит в портал и оставляет Шеппарда одного.

Opposing Force завершается.